Biyoinformatiğe Başlayacaksan

Herkese Merhaba

Şu anda bayram sonrası Genkök'e dönüş için bindiğim şehirlerarası otobüsten yazıyorum. Bu yazımın içeriği biyoinformatiğe başlangıcımın nasıl olduğu ve başlarken faydalı olabilecek kaynaklar hakkında olacak. 

Biyomühendisliğe başlarken laboratuvar gereç ve cihazlarıyla çalışmanın beni mutlu edeceğini düşünüyordum. Bu düşüncem ne yazık ki çok uzun sürmedi ve daha ilk laboratuvar dersimden itibaren bana  göre olmadığını anlamıştım.

Birinci sınıfta aldığımız programlamaya giriş dersinde MATLAB öğrenene kadar hiç programlama deneyimim olmamasına rağmen, çok eğlenerek ve severek öğrendim. Daha birinci sınıfta bilgisayar ve biyolojiyi birleştirmem gerektiğini anlamıştım. Okulumda bu şekilde çalışan hocalarımla iletişime geçip, birinci sınıfın sonundaki yaz, sistem biyolojisi çalışan hocamın yanında çalışmaya başladım. O sıralar mayanın tüm protein-protein etkileşimlerini Cytoscape ile görselleştiriyorduk.

Biyoinformatik ile ilgili internette dört bir yanı kolaçan ettiğim ilk gün Ahmet Raşit Öztürk'ün blogunu keşfettim. Uzunca bir okumadan sonra Ahmet Raşit Öztürk'e mail atmaya karar verdim ve yazdığım mailde biyoinformatik ile aklımı karıştıran soruları sordum. Kendisinden aldığım mailde bana Codeacademy sitesinden Python derslerini tamamlamamı ve istatistik alanına önem vermemi öneriyordu. İstatistik öğrenmek için önerdiği kaynaklar ise Statistics for Dummies I ve II idi. Python derslerine başladım ve kolay bir olduğunu söyleyebilirim ayrıca şu zamanlar oldukça yaygın kullanılan bir dil. Ayrıca bu yıl Genkök'te yaptığımız staja başlamadan önce Ahmet Raşit hoca bu siteden Python derslerinin 9'unu tamamlamamızı söyledi. Okul derslerimin yoğunlaşmasıyla istatistik ile ilgili aldığım biyoistatistik dersi dışında çok ilgilenemedim ancak bu açığı kapatmak için elimden geleni yapacağım. 

Okulda olabildiğince biyoinformatiğe yoğunlaşmak üzere, hesaplamalı biyomühendislik, moleküler modelleme gibi dersleri seçmeli olarak aldım. Aynı zamanda biyoinformatik laboratuvarında çalışmaya başladım. Bu laboratuvarda daha çok yapısal biyoinformatik (structural bioinformatics) çalışılmakta. Proteinlerin üç boyutlu yapılarından dinamiklerini çalışmak bana oldukça eğlenceli geliyor. Hatta bitirme projemi de bu konu üzerine seçtim. 

Yazımı bitirmeden önce biyoinformatiğe ilgi duyanlar için faydalı olabilecek birkaç kaynak ismi daha söylemek istiyorum. O'reilly yayınlarından 'Data Science from Scratch' bizim kamp boyunca bitirme amacında olduğumuz, doğrudan biyoinformatiği anlatmasa da veri bilimine giriş niteliğinde olan ve bunu python kodları üzerinden yapan oldukça sevimli bir kitap. 'Bionformatics for dummies'  ise biyoinformatiğe giriş niteliğinde olan bir diğer güzel kitap. Türkçe olarak önerilebilecek kitaplar ise; Jens Allmer'ın yazarı olduğu 'Biyoenformatik 1. Dizi Kıyaslamaları' ve Zeki Kaya'nın çevirdiği, 'Biyologlar İçin Biyoinformatik' kitabı olabilir. Ayrıca Coursera'da bir çok ücretsiz online biyoinformatik dersine kaydolabilirsiniz. 

Sevgiyle kalın!