Proteinler Dinamiktir

Herkese merhaba

Bu yazımda yapısal biyoinformatiğe bir giriş olarak protein dinamiği ve dinamiklerinin belirlenmesi için yapılan hesapsal çalışmalardan bahsetmek istiyorum.

Vücuttaki en işlevsel yapılar bildiğimiz gibi proteinlerdir. Metabolik reaksiyonlardan hücre zarındaki taşıma kanallarına kadar sayabileceğimizden fazla işte yer alan proteinlerin sekans, yapı ve fonksiyon ilişkilerinin incelenmesi genomun anlaşılması için fazlaca önemlidir. Proteinler statik bir yapı sergilemenin aksine dinamiktirler ve dinamik olmaları esnekliklerinden kaynaklanır. Yani proteinler işlevlerini yerine getirirken şekillerinde değişiklikler yaparlar. Proteinlerin bu işlev gerçekleştirme sırasındaki şekil değiştirmiş hallerine o proteinin farklı konformasyonları denir. Bu konformasyonel değişimler bir veya birden fazla aminoasitin atomlarının uzayda yer değiştirmesiyle oluşur.

Biyoinformatiğe Başlayacaksan

Herkese Merhaba

Şu anda bayram sonrası Genkök'e dönüş için bindiğim şehirlerarası otobüsten yazıyorum. Bu yazımın içeriği biyoinformatiğe başlangıcımın nasıl olduğu ve başlarken faydalı olabilecek kaynaklar hakkında olacak. 

Biyomühendisliğe başlarken laboratuvar gereç ve cihazlarıyla çalışmanın beni mutlu edeceğini düşünüyordum. Bu düşüncem ne yazık ki çok uzun sürmedi ve daha ilk laboratuvar dersimden itibaren bana  göre olmadığını anlamıştım.

Sadece biyoinformatik mi öğreniyoruz?

Merhaba!

Önceki yazımda biyoinformatik kampındaki yoğunluğumuzdan bahsetmiştim ancak şimdiki halime baktığımda sanırım gerçek yoğunlukla yeni tanıştım. Kısaca anlatmam gerekirse bir sabah yurttan çıktığımı, bir de akşam yurda girdiğimi hatırlıyorum. 

Benim için yaptıklarımızın en zevklisi kod yazmak. Python kolay kodlarla başlayıp baya bir ilerleme kaydettik diyebilirim. Fasta sekansında ekson ve motif bulmak için kodlar yazdık bu günlerde. Kod

Yurtta Çırpınışlar

Merhabalar

Şu anda kamp ekibimizden Cansu ve Fatma ile yurdun çardağındayız. Kızlar sohbet edip gülüşüyorlar (dedikodu mode=on). Aralarındaki kucağında bilgisayar sürekli birbirine soru soran üç kıza anlam veremediklerine eminim. Fatma Scratch'te bugün verilen oyun projesini yapmaya çalışırken, Cansu ortak blogumuza yazısını yazıyor. Ben ise her gün bir kısmını çalışıp ertesi gün diğerlerine anlatacağımız "Data Science from Scratch" kitabının ikinci kısmına çalışıyorum. Eminim bu yoğunluğa alışmak, birlikte olmasaydık  çok zor olurdu.

Fatma ile yurda ilk yerleştiğimizde odada 6 kişi kalacağımızı öğrenip modlara girmiştik. Üzerine akşamına 'misafirsiniz diye size internet vermiyoruz!' gibi cümleler duyunca çıkmayı bile düşündük. Ama üçüncü günden sonra kendimizi alışmış olarak bulduk. İnterneti de bir şekilde hallettik(kıps). 

Diyeceğim o ki motivasyonumuz sağlam ve bu, yorgunluk ve zorlukları göz ardı etmemize çok yardımcı oluyor. 

Hoşçakalın!!

Merhaba çok sevgili biyoinformatik takipçileri!

Ben Neslihan. Marmara Üniversitesi Biyomühendislik'te 4. sınıf öğrencisiyim. Bu yaz Ahmet Raşit Öztürk'ün Genom ve Kök Hücre Merkezi'nde başlattığı Biyoinformatik Yaz Kampına katıldım ve geçtiğimiz hafta Yoğunlaştırılmış Biyoinformatik Kursu ile hızlı ve güzel bir başlangıç yaptık. Yoğunlaştırılmış kurstaki hızlı tempomuza rağmen, ortamdaki sıcaklık ve birçok yeni insan tanımanın verdiği enerjiyle ilk günden ortama adapte oldum diyebilirim.

Geçtiğimiz cuma günü kurs misafirlerimizi yolcu ettik ve iki günlük dinlenmeden sonra bugün kamp ekibi olarak çalışmalarımıza başladık. Asıl programımıza bugün başlamamıza rağmen, bu yazın diğer yazlardan çok daha dolu ve güzel  geçeceğini görür gibiyim.

Programımızın bir parçası olarak her hafta burada paylaşımlar yapacağım. Blog yazmada oldukça yeniyim, umarım sever ve staj sonrasında da devam ettiririm :)

Hoşçakalın!