10 Ağustos 2015 Pazartesi

Elastik Ağ Modelleri

Elastik ağ modellerinin ortaya çıkması, moleküler dinamikte son yılların en önemli gelişmelerinden olmuştur. Proteinlerin yapısal esnekliklerinin belirlenmesi için vazgeçilmez bir araç olan elastik ağ modellerinde, bir protein birbirine harmonik yaylarla bağlanmış olan bir çok parçacıklardan oluşmuş gibi ifade edilir. Modelin detay seviyesine göre bu parçacıklar proteinin atomlarına, aminoasitlere veya yan zincirlerine denk gelmektedir. Aşağıdaki şekilde gördüğünüz proteinin atomları boncuk şeklinde gösterilmiş ve aralarında etkileşimler yaylarla gösterilmiştir.

3 Ağustos 2015 Pazartesi

Protein Data Bank (PDB)

Merhabalar

Protein dinamiği ile ilgili yazımda Protein Data Bank'ın (PDB), protein yapısı ile ilgili biyoinformatik çalışmalarda kullanılan en önemli veri tabanlarından olduğunu söylemiştim. Bu yazımda sizlere PDB'nin neler içerdiği, bir PDB dosyasının yapısının nasıl olduğu gibi konularda bilgi vereceğim. 

Öncelikle veritabanını açıklayarak temelden girelim. Veritabanları, teknolojinin gelişmesiyle orantılı olarak artan bilginin depolanması ihtiyacına karşılık geliştirilen, birbiriyle alakalı verilerin kullanılabilecek şekilde depolandığı sistemlerdir. Biyolojik veritabanları ise veritabanlarının bilimsel deneylerden, literatürden, yüksek çıktılı teknolojiden ve hesapsal analizlerden elde edilen verilerin depolandığı özelleşmiş kısmıdır. Biyolojik veri tabanları genomik, proteomik, metabolomik ve mikrodizi gen ifadesi gibi araştırma alanlarından bilgiler içerir.

2 Ağustos 2015 Pazar

Bir TED konuşması: "Protein Folding"

Merhabalar

Protein katlanma problemi ile ilgili bilgi içeren bu TED konuşmasını dinlemenizi tavsiye ederim. Konuşma içerisinde protein yapısını, katlanma mekanizmasını tahmin edilmesini ve ilaç tasarımında protein katlanmasının mekanizmasının anlaşılmasının önemini anlayabilirsiniz.


Hoşçakalın!




26 Temmuz 2015 Pazar

Proteinler Dinamiktir

Herkese merhaba

Bu yazımda yapısal biyoinformatiğe bir giriş olarak protein dinamiği ve dinamiklerinin belirlenmesi için yapılan hesapsal çalışmalardan bahsetmek istiyorum.

Vücuttaki en işlevsel yapılar bildiğimiz gibi proteinlerdir. Metabolik reaksiyonlardan hücre zarındaki taşıma kanallarına kadar sayabileceğimizden fazla işte yer alan proteinlerin sekans, yapı ve fonksiyon ilişkilerinin incelenmesi genomun anlaşılması için fazlaca önemlidir. Proteinler statik bir yapı sergilemenin aksine dinamiktirler ve dinamik olmaları esnekliklerinden kaynaklanır. Yani proteinler işlevlerini yerine getirirken şekillerinde değişiklikler yaparlar. Proteinlerin bu işlev gerçekleştirme sırasındaki şekil değiştirmiş hallerine o proteinin farklı konformasyonları denir. Bu konformasyonel değişimler bir veya birden fazla aminoasitin atomlarının uzayda yer değiştirmesiyle oluşur.

20 Temmuz 2015 Pazartesi

Biyoinformatiğe Başlayacaksan

Herkese Merhaba

Şu anda bayram sonrası Genkök'e dönüş için bindiğim şehirlerarası otobüsten yazıyorum. Bu yazımın içeriği biyoinformatiğe başlangıcımın nasıl olduğu ve başlarken faydalı olabilecek kaynaklar hakkında olacak. 

Biyomühendisliğe başlarken laboratuvar gereç ve cihazlarıyla çalışmanın beni mutlu edeceğini düşünüyordum. Bu düşüncem ne yazık ki çok uzun sürmedi ve daha ilk laboratuvar dersimden itibaren bana  göre olmadığını anlamıştım.

13 Temmuz 2015 Pazartesi

Sadece biyoinformatik mi öğreniyoruz?

Merhaba!

Önceki yazımda biyoinformatik kampındaki yoğunluğumuzdan bahsetmiştim ancak şimdiki halime baktığımda sanırım gerçek yoğunlukla yeni tanıştım. Kısaca anlatmam gerekirse bir sabah yurttan çıktığımı, bir de akşam yurda girdiğimi hatırlıyorum. 

Benim için yaptıklarımızın en zevklisi kod yazmak. Python kolay kodlarla başlayıp baya bir ilerleme kaydettik diyebilirim. Fasta sekansında ekson ve motif bulmak için kodlar yazdık bu günlerde. Kod

7 Temmuz 2015 Salı

Yurtta Çırpınışlar

Merhabalar

Şu anda kamp ekibimizden Cansu ve Fatma ile yurdun çardağındayız. Kızlar sohbet edip gülüşüyorlar (dedikodu mode=on). Aralarındaki kucağında bilgisayar sürekli birbirine soru soran üç kıza anlam veremediklerine eminim. Fatma Scratch'te bugün verilen oyun projesini yapmaya çalışırken, Cansu ortak blogumuza yazısını yazıyor. Ben ise her gün bir kısmını çalışıp ertesi gün diğerlerine anlatacağımız "Data Science from Scratch" kitabının ikinci kısmına çalışıyorum. Eminim bu yoğunluğa alışmak, birlikte olmasaydık  çok zor olurdu.

Fatma ile yurda ilk yerleştiğimizde odada 6 kişi kalacağımızı öğrenip modlara girmiştik. Üzerine akşamına 'misafirsiniz diye size internet vermiyoruz!' gibi cümleler duyunca çıkmayı bile düşündük. Ama üçüncü günden sonra kendimizi alışmış olarak bulduk. İnterneti de bir şekilde hallettik(kıps). 

Diyeceğim o ki motivasyonumuz sağlam ve bu, yorgunluk ve zorlukları göz ardı etmemize çok yardımcı oluyor. 

Hoşçakalın!!