Elastik Ağ Modelleri

Elastik ağ modellerinin ortaya çıkması, moleküler dinamikte son yılların en önemli gelişmelerinden olmuştur. Proteinlerin yapısal esnekliklerinin belirlenmesi için vazgeçilmez bir araç olan elastik ağ modellerinde, bir protein birbirine harmonik yaylarla bağlanmış olan bir çok parçacıklardan oluşmuş gibi ifade edilir. Modelin detay seviyesine göre bu parçacıklar proteinin atomlarına, aminoasitlere veya yan zincirlerine denk gelmektedir. Aşağıdaki şekilde gördüğünüz proteinin atomları boncuk şeklinde gösterilmiş ve aralarında etkileşimler yaylarla gösterilmiştir.

Protein Data Bank (PDB)

Merhabalar

Protein dinamiği ile ilgili yazımda Protein Data Bank'ın (PDB), protein yapısı ile ilgili biyoinformatik çalışmalarda kullanılan en önemli veri tabanlarından olduğunu söylemiştim. Bu yazımda sizlere PDB'nin neler içerdiği, bir PDB dosyasının yapısının nasıl olduğu gibi konularda bilgi vereceğim. 

Öncelikle veritabanını açıklayarak temelden girelim. Veritabanları, teknolojinin gelişmesiyle orantılı olarak artan bilginin depolanması ihtiyacına karşılık geliştirilen, birbiriyle alakalı verilerin kullanılabilecek şekilde depolandığı sistemlerdir. Biyolojik veritabanları ise veritabanlarının bilimsel deneylerden, literatürden, yüksek çıktılı teknolojiden ve hesapsal analizlerden elde edilen verilerin depolandığı özelleşmiş kısmıdır. Biyolojik veri tabanları genomik, proteomik, metabolomik ve mikrodizi gen ifadesi gibi araştırma alanlarından bilgiler içerir.

Bir TED konuşması: "Protein Folding"

Merhabalar

Protein katlanma problemi ile ilgili bilgi içeren bu TED konuşmasını dinlemenizi tavsiye ederim. Konuşma içerisinde protein yapısını, katlanma mekanizmasını tahmin edilmesini ve ilaç tasarımında protein katlanmasının mekanizmasının anlaşılmasının önemini anlayabilirsiniz.

Hoşçakalın!