Elastik ağ modellerinin ortaya çıkması,
moleküler dinamikte son yılların en önemli gelişmelerinden olmuştur.
Proteinlerin yapısal esnekliklerinin belirlenmesi için vazgeçilmez bir araç
olan elastik ağ modellerinde, bir protein birbirine harmonik yaylarla bağlanmış
olan bir çok parçacıklardan oluşmuş gibi ifade edilir. Modelin detay seviyesine
göre bu parçacıklar proteinin atomlarına, aminoasitlere veya yan zincirlerine
denk gelmektedir. Aşağıdaki şekilde gördüğünüz proteinin atomları boncuk
şeklinde gösterilmiş ve aralarında etkileşimler yaylarla gösterilmiştir.
BİYOİNFORMATİK
10 Ağustos 2015 Pazartesi
3 Ağustos 2015 Pazartesi
Protein Data Bank (PDB)
Merhabalar
Protein dinamiği ile ilgili yazımda Protein Data Bank'ın (PDB), protein yapısı ile ilgili biyoinformatik çalışmalarda kullanılan en önemli veri tabanlarından olduğunu söylemiştim. Bu yazımda sizlere PDB'nin neler içerdiği, bir PDB dosyasının yapısının nasıl olduğu gibi konularda bilgi vereceğim.
Öncelikle veritabanını açıklayarak temelden girelim. Veritabanları, teknolojinin gelişmesiyle orantılı olarak
artan bilginin depolanması ihtiyacına karşılık geliştirilen, birbiriyle alakalı
verilerin kullanılabilecek şekilde depolandığı sistemlerdir. Biyolojik
veritabanları ise veritabanlarının bilimsel deneylerden, literatürden, yüksek
çıktılı teknolojiden ve hesapsal analizlerden elde edilen verilerin depolandığı
özelleşmiş kısmıdır. Biyolojik veri tabanları genomik, proteomik, metabolomik ve
mikrodizi gen ifadesi gibi araştırma alanlarından bilgiler içerir.
2 Ağustos 2015 Pazar
Bir TED konuşması: "Protein Folding"
Merhabalar
Protein katlanma problemi ile ilgili bilgi içeren bu TED konuşmasını dinlemenizi tavsiye ederim. Konuşma içerisinde protein yapısını, katlanma mekanizmasını tahmin edilmesini ve ilaç tasarımında protein katlanmasının mekanizmasının anlaşılmasının önemini anlayabilirsiniz.
Hoşçakalın!
26 Temmuz 2015 Pazar
Proteinler Dinamiktir
Herkese merhaba
Bu yazımda yapısal biyoinformatiğe bir giriş olarak protein dinamiği ve dinamiklerinin belirlenmesi için yapılan hesapsal çalışmalardan bahsetmek istiyorum.
Vücuttaki en işlevsel yapılar bildiğimiz gibi proteinlerdir. Metabolik reaksiyonlardan hücre zarındaki taşıma kanallarına kadar sayabileceğimizden fazla işte yer alan proteinlerin sekans, yapı ve fonksiyon ilişkilerinin incelenmesi genomun anlaşılması için fazlaca önemlidir. Proteinler statik bir yapı sergilemenin aksine dinamiktirler ve dinamik olmaları esnekliklerinden kaynaklanır. Yani proteinler işlevlerini yerine getirirken şekillerinde değişiklikler yaparlar. Proteinlerin bu işlev gerçekleştirme sırasındaki şekil değiştirmiş hallerine o proteinin farklı konformasyonları denir. Bu konformasyonel değişimler bir veya birden fazla aminoasitin atomlarının uzayda yer değiştirmesiyle oluşur.
20 Temmuz 2015 Pazartesi
Biyoinformatiğe Başlayacaksan
Herkese Merhaba
Şu anda bayram sonrası Genkök'e dönüş için bindiğim şehirlerarası otobüsten yazıyorum. Bu yazımın içeriği biyoinformatiğe başlangıcımın nasıl olduğu ve başlarken faydalı olabilecek kaynaklar hakkında olacak.
Biyomühendisliğe başlarken laboratuvar gereç ve cihazlarıyla çalışmanın beni mutlu edeceğini düşünüyordum. Bu düşüncem ne yazık ki çok uzun sürmedi ve daha ilk laboratuvar dersimden itibaren bana göre olmadığını anlamıştım.
13 Temmuz 2015 Pazartesi
Sadece biyoinformatik mi öğreniyoruz?
Merhaba!
Önceki yazımda biyoinformatik kampındaki yoğunluğumuzdan bahsetmiştim ancak şimdiki halime baktığımda sanırım gerçek yoğunlukla yeni tanıştım. Kısaca anlatmam gerekirse bir sabah yurttan çıktığımı, bir de akşam yurda girdiğimi hatırlıyorum.
Benim için yaptıklarımızın en zevklisi kod yazmak. Python kolay kodlarla başlayıp baya bir ilerleme kaydettik diyebilirim. Fasta sekansında ekson ve motif bulmak için kodlar yazdık bu günlerde. Kod
7 Temmuz 2015 Salı
Yurtta Çırpınışlar
Merhabalar
Şu anda kamp ekibimizden Cansu ve Fatma ile yurdun çardağındayız. Kızlar sohbet edip gülüşüyorlar (dedikodu mode=on). Aralarındaki kucağında bilgisayar sürekli birbirine soru soran üç kıza anlam veremediklerine eminim. Fatma Scratch'te bugün verilen oyun projesini yapmaya çalışırken, Cansu ortak blogumuza yazısını yazıyor. Ben ise her gün bir kısmını çalışıp ertesi gün diğerlerine anlatacağımız "Data Science from Scratch" kitabının ikinci kısmına çalışıyorum. Eminim bu yoğunluğa alışmak, birlikte olmasaydık çok zor olurdu.
Fatma ile yurda ilk yerleştiğimizde odada 6 kişi kalacağımızı öğrenip modlara girmiştik. Üzerine akşamına 'misafirsiniz diye size internet vermiyoruz!' gibi cümleler duyunca çıkmayı bile düşündük. Ama üçüncü günden sonra kendimizi alışmış olarak bulduk. İnterneti de bir şekilde hallettik(kıps).
Diyeceğim o ki motivasyonumuz sağlam ve bu, yorgunluk ve zorlukları göz ardı etmemize çok yardımcı oluyor.
Hoşçakalın!!
Kaydol:
Kayıtlar (Atom)