Elastik Ağ Modelleri

Elastik ağ modellerinin ortaya çıkması, moleküler dinamikte son yılların en önemli gelişmelerinden olmuştur. Proteinlerin yapısal esnekliklerinin belirlenmesi için vazgeçilmez bir araç olan elastik ağ modellerinde, bir protein birbirine harmonik yaylarla bağlanmış olan bir çok parçacıklardan oluşmuş gibi ifade edilir. Modelin detay seviyesine göre bu parçacıklar proteinin atomlarına, aminoasitlere veya yan zincirlerine denk gelmektedir. Aşağıdaki şekilde gördüğünüz proteinin atomları boncuk şeklinde gösterilmiş ve aralarında etkileşimler yaylarla gösterilmiştir.

Proteinler Dinamiktir

Herkese merhaba

Bu yazımda yapısal biyoinformatiğe bir giriş olarak protein dinamiği ve dinamiklerinin belirlenmesi için yapılan hesapsal çalışmalardan bahsetmek istiyorum.

Vücuttaki en işlevsel yapılar bildiğimiz gibi proteinlerdir. Metabolik reaksiyonlardan hücre zarındaki taşıma kanallarına kadar sayabileceğimizden fazla işte yer alan proteinlerin sekans, yapı ve fonksiyon ilişkilerinin incelenmesi genomun anlaşılması için fazlaca önemlidir. Proteinler statik bir yapı sergilemenin aksine dinamiktirler ve dinamik olmaları esnekliklerinden kaynaklanır. Yani proteinler işlevlerini yerine getirirken şekillerinde değişiklikler yaparlar. Proteinlerin bu işlev gerçekleştirme sırasındaki şekil değiştirmiş hallerine o proteinin farklı konformasyonları denir. Bu konformasyonel değişimler bir veya birden fazla aminoasitin atomlarının uzayda yer değiştirmesiyle oluşur.

Biyoinformatiğe Başlayacaksan

Herkese Merhaba

Şu anda bayram sonrası Genkök'e dönüş için bindiğim şehirlerarası otobüsten yazıyorum. Bu yazımın içeriği biyoinformatiğe başlangıcımın nasıl olduğu ve başlarken faydalı olabilecek kaynaklar hakkında olacak. 

Biyomühendisliğe başlarken laboratuvar gereç ve cihazlarıyla çalışmanın beni mutlu edeceğini düşünüyordum. Bu düşüncem ne yazık ki çok uzun sürmedi ve daha ilk laboratuvar dersimden itibaren bana  göre olmadığını anlamıştım.